Non si hanno notizie precise sulla costruzione della chiesa: l’edificio originario, infatti, non esiste più, solo la struttura muraria esterna potrebbe essere l’elemento che non ha subito grossi cambiamenti nel corso del tempo. Nel 1794 si ha notizia del piccolo paese di S. Nicandro Garganico raggruppato intorno alla Chiesa di S. Maria del Borgo, mentre prima si limitava al terreno circostante la Chiesa di S. Giorgio, ma non ancora esteso fino alla Chiesa di San Biagio, Santa Maria del Carmine, S. Giovanni e S. Martino, chiese situate in aperta campagna. E fu per questo che una volta conglobate nel paese tali chiese non subirono, per lo più, ampliamenti o rifacimenti e alcune di queste sono rimaste fino ad oggi di ridottissime dimensioni.
I documenti più antichi relativi alla chiesa di San Biagio risalgono ai principi del 1700, citata come luogo di sepoltura, soprattutto di coloro che morivano nel vicino ospedale. In un documento del 1701 si legge che in questa chiesa era eremita Fra’ Cataldo Marantonio Zicchini di Sorrento, morto nello stesso anno all’età di ottant’anni e sepolto nella stessa chiesa. Successivamente è attestata la presenza dell’eremita Michele Padula, fino al 6 marzo 1730, anno della sua morte.
Nel Catasto Onciario del 1742, compilato dall’Università di Sannicandro, la chiesa è indicata come Badia di San Biagio: ciò indicava che essa godeva di un beneficio ecclesiastico e che il sacerdote detentore di questo poteva fregiarsi del titolo di “abate”. Questo beneficio era perpetuo e di libera collazione, cioè il sacerdote a cui veniva assegnato era liberamento scelto dal Vescovo di Lucera che lo deteneva fino al decesso. I sacerdoti che detennero il privilegio nella seconda metà del XVIII secolo furono: don Vincenzo Giacchesio (fino al 3 novembre 1765), don Michele Pepe (fino al 18 ottobre 1771) e don Vincenzo Conforto (fino al 3 novembre 1783. Questi fu l’ultimo a detenerlo, dopo la sua morte venne devoluto al fisco.
Durante il XIX sec. continuò ad assolvere le funzioni per cui fu edificata, anche se in alcuni periodi sembra non fosse tenuta con il decoro che le spettasse. Ciò spinse il Vescovo di Lucera ad intervenire perché fosse effettuata la necessaria manutenzione.
Nel 1863 venne istituita la Confraternita della Pia Unione della Cintura, con il titolo di “Beata Vergine Maria della Consolazione”, per interessamento del Canonico don Michele De Martino. La Confraternita resterà in attività fino agli anni 60 del 1900, estinguendosi successivamente per mancanza di adesioni.
Dagli inizi del ‘900 vi esercita il ministero sacerdotale don Pietro Pienabarca, fino alla sua morte (9 dicembre 1934), quando verrà succeduto da don Aristide d’Alessandro nella carica di rettore della Chiesa. Durante questo periodo i fedeli di San Biagio poterono godere pienamente ed in modo particolare della singolare guida di don Aristide, della sua carità cristiana, piena di impegno diligente, ricca di tanta umanità. Tante furono le vocazioni religiose incoraggiate.
Il 3 febbraio 1961 il vescovo di Lucera, mons. Domenico Vendola, emana il decreto di istituzione della nuova Parrocchia di San Biagio, che diventa la terza del paese. Il 25 novembre 1961, la chiesa accolse il ritorno dei Frati Minori a san Nicandro (dopo quasi un secolo di assenza). Dal verbale redatto dal terzo ordine francescano si legge: Un’immensa folla di fedeli si è radunata nella piazza principale per salutare festosamente i frati. I sacerdoti francescani hanno svolto il loro ministero nella parrocchia di San Biagio dal 1961 al 1981, fino a quando cioè il ministro provinciale dei tempo il Reverendo Padre Leonardo Di Pinto con il suo definitorio rinunciava alla parrocchia ed invitava i frati a trasferirsi. I parroci in questo ventennio furono tre: Padre Celestino Ciavarella, coadiuvato prima da Padre Giovanni Di Gemma, poi da Padre Modestino, Padre Marcello e Padre Leone. II secondo parroco fu Padre Renato Tamburri, che guidò la parrocchia per tre anni. Gli successe Padre Gabriele Fania, coadiuvato da Padre Damiano e Padre Nicola. Le attività svolte durante il ventennio furono molteplici: iniziative per aiutare i poveri, portare conforto agli ammalati, promuovere la frequenza alla Chiesa e ai sacramenti.
Dopo la partenza dei frati dalla chiesa di San Biagio per una sistemazione definitiva al convento di S. Maria delle Grazie, la parrocchia venne retta, per circa un anno, da Don Arnaldo Maffia, uomo mite e dolce, disponibile verso i fedeli. Nel mese di febbraio del 1982 don Giuseppe De Francesco sostituì Don Arnaldo nella carica di parroco.
